В структурата на Св. Пантелеймон се включват медицински център, медико-диагностична лаборатория и служба по трудова медицина.
Медицинският център обезпечава здравни услуги в доболничната област, медико-диагностичната лаборатория извършва клинико-лабораторни изследвания и е част от медицинския център.Службата по трудова медицина извършва услуги, произтичащи от Закона за здравословни и безопасни условия на труд (ЗЗБУТ). И трите звена се намират на разстояние 200-300 м. едно от друго в района между НДК и баня Мадара.